創建由緒等は伝わっていないようです。｢三重県神社誌｣は古老伝として、｢旗木｣のように真っ直ぐで屈曲しない樫木が林立していた、その｢旗木｣が｢波多伎｣となったと。附会とも取れそうな内容ですが。ご祭神は大鷦鷯命(第16代仁徳天皇)。白馬に乗った天皇像を御神体としているようですが、祀られる由緒はまったく不明。｢和名抄｣は当地を｢阿拜郡服部国府｣と記しています。服部半蔵など伊賀者の忍者として知られます。｢服部｣のルーツは機織ではないかという説も。社名の｢波多｣と地名の｢服部｣、これはもう秦氏を連想せずにはいられません。個人的にはその秦氏が奉斎した社である可能性も考えています。境内社 宇都可神社は式内社論社。波多岐神社ご本殿の右脇殿(向かって左脇)として鎮座。かつては背後の山中に鎮座していたようですが、参拝の便が悪いため江戸時代に当社境内に遷されたとのこと。かなり難峻な地にあったとのこと。｢三重県神社誌｣は、安政六年(1859年)の地震により当社の近くまで崩れ落ちて来たとしています。六年に大地震の記録は無く、長年に渡り群発した｢安政の大地震｣の余震によるものかと。

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