社伝によると鎮座地は｢平城(なら)の飛鳥｣と称され、飛鳥の飛鳥坐神社を遷座し瑜伽神社として斎祀られていたと(現在の瑜伽神社は当社境内社であった稲荷小祠を遷座したものと思われる)。そしてこの地にまず国津神の中心の一柱である少彦名命を祀ったのが起源とされているようです。また手間天神と呼ばれ、医薬や学問の神として崇められたと。その後は元興寺や興福寺大乗院の鎮守社となっています。｢平城の飛鳥｣の本来の拠り所であった瑜伽神社はおそらく中世には廃絶、当社がその代わりとして｢ならまち｣全体の守護神として機能していたと思われます。

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