古代の伊賀国中心地、｢府中(国府所在地)｣推定地の近辺に鎮座。創建由緒等は伝わっていないようです。往古より当地に鎮座、若宮八幡社と称されていたとのこと。明治の合祀政策により近隣社を合祀し、現社名と改称されています。波多岐神社の瑞垣内にも府中神社が鎮座します。明治の合祀政策により近隣社を多く合祀吸収したものの、こちらもまた合祀されてしまう羽目に。当社とは関係の無い社かと思います。｢府中｣という社名が空いたため、使ったのではないでしょうか。

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