明治天皇の発願により創建された社。南朝を開いた後醍醐天皇がご祭神。対立する足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れ、三種神器を足利軍に渡して花山院に幽閉されます。ところが脱出に成功、そして渡した三種神器は贋物であったと主張し、吉野へ逃げ落ち南朝を開きます。一方で足利尊氏が擁立したのが光明天皇で、これより南北朝時代が始まりました。延元二年(1337年)のこと。延元四年(1339年)に後醍醐天皇は崩御。御子であり即位した後村上天皇は像を｢吉水院｣に鎮めていました。それを遷し祀り創建したのが当社。｢吉水院｣は時代の流れから吉水神社へと変遷。これとは別に後醍醐天皇を祀る社を創ろうとする気運になり、ついに明治天皇の意向で｢吉野宮｣として創建に。遷座祭が行われたのは明治二十五年のこと。

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